办公室

    全馆行政、业务和党务工作决策上传下达和协调落实；管理法人机构凭证、印鉴、劳动人事和文书档案；负责全员工作考勤、绩效工资核算及福利事项；负责文秘外联、文化产业经营管理开发；承担大型活动和重要接待影像资料拍摄整理存档。

财务部

    负责全馆财务计划、预决算报告和季度分析报表；管理各种财务账目、票据、工程项目合同和资产总账档案；管理承办全馆各项基金和员工社会保险基金等；参与各项政府采购项目招标，审核各项基建工程预决算。

陈列研究部

    负责基本陈列内容策划、陈列大纲编写和制定形式设计技术要求；组织交流展览和制定大型主题活动方案落实；开展专业学术研究并参与国内外学术交流。

典藏技术部

    负责全馆各类文物、资料、藏品总账、档案和数据库管理；馆藏文物日常规范管理；开展文物征集、馆藏文物研究；按照文物保护技术规范，开展文物藏品技术修复、装裱、复制。

社教服务部

    日常开馆接待观众咨询和提供陈列讲解服务；组织主题教育活动、公益讲座、流动展览和为未成年人等提供服务；编写陈列解说词、科普资料和与博物馆活动相关的宣传报道；负责"教育体验厅"的日常开放管理。

物业管理部

    全馆基础设施、专项设备管理维护，保障水、电、汽和空调、电梯和弱电系统安全运行；对各类基建维修工程项目实施监管；报批财产保险理赔并监督有关部门履行合同；负责全馆环境绿化、卫生防疫和保洁工作；管理职工食堂。

安全保卫部

    负责全馆安全消防工作。各级各部室岗位安全责任制度起草、监督、落实。管理全馆安全消防系统及相关设备的维护和更新；管理安全消防报警监控中心和值班室，对全馆布防区域实施24小时监控；结合应急方案定期组织安全消防演练；负责外来施工人员和各类临时人员登记和管理；组织法制教育和社会治安综合治理检查。

城市历史文化研究部

    负责开展大连城市历史文化研究、博物馆学研究；围绕博物馆性质、依托馆藏，开展藏品研究；开展大连工业遗产、非物质文化遗产等课题研究；承担年度辑刊《大连城市历史文化研究》等学术刊物的编审工作，负责馆所资料室建设、管理工作。